En 2001 fue detenido de nuevo por cargos de tráfico de drogas y permaneció en una cárcel en México hasta 2009, cuando fue extraditado para enfrentar acusaciones en EU.

Caro Quintero se declaró culpable en una corte federal de Denver de un cargo de ser parte de una organización criminal en Colorado y un cargo de asociación ilícita para distribuir marihuana en Arizona.

Miguel Ángel Caro Quintero, hermano de Rafael Caro Quintero, cumple una sentencia de 40 años en EU por el asesinato de un agente de la DEA en 1985.